Hvor de arabiske studier i Holland allerede under Dozy havde taget et stort opsving, så skete der nu, under hans elev Michael Jan de Goeje (1836 - 1909), såvel metodisk som stofmæssigt et væsentligt fremskridt. De Goeje anvendte de fra den klassiske filologi almindeligt kendte metoder til tekstkritik, som han havde lært hos den græsklærde Carl Gabriel Cobet i Leiden, på behandlingen af arabiske tekster. Gennem Dozy var han blevet indført i den historiske metode, og han fremlagde som sit første arbejde, der udkom under titlen Specimen e literis orientalibus ['Prøver på den orientalske litteratur'] fra 1860, de kapitler fra Ya'qubis geografi [9.årh.], som omhandler Maghreb, i arabisk tekst, med oversættelse og kommentar. Sin formåen hvad angår behandling af historiske spørgsmål, viste han i sine Mémoires d'histoire et de géographie orientale ['Afhandlinger om orientalsk historie og geografi']; den første afhandling drejer sig om karmaternes [en arabisk sect i nuv. Iraq, 9. - 11.årh.] oprindelse og bevægelsens forløb; i den anden afhandling, 1864, efterviste han uægtheden af de af Nassau Lees udgivne tekster om Syriens erobring. Til Dozys delvise udgave af Idrisis geografi (Descriptions de l'Afrique et de l'Espagne, ['Beskrivelse af Afrika og Spanien']1866) bidrog han med tekst og kommenteret oversættelse af afsnittet om Nordafrika. Samtidigt påbegyndte han sin lange række af forbilledlige tekstudgaver: Baladuris Futuh al-Buldan ['Landenes oprindelse',9.årh] 1866, de to bind med Fragmenta historiorum arabicorum ['Fragmenter af arabiske historikere'] (1867 - 1871), på hvis første bind Paul de Jong (død 1890) var medarbejder. Så fulgte i 1870 - 1894, i de 8 bind Bibliotheca geographorum Arabicorum ['Bibliotek af arabiske geografer']: Istahri [10.årh.], Ibn Hauqal [10.årh.], Muqaddasi [10./11.årh] (som kom i 2.opl. i 1906), et udtog af Hamadani (på grundlag af forarbejder af Otto Loth), Ibn Hurdadbih (10.årh.) og udtog af Qudamas Kitab al-haraj ['Bog om skat', 10.årh.] Ibn Rosteh [9./10.årh.], Ya'qubis bog om landene [9.årh.] (i 2.opl.), samt Mas'udis Kitab at-tanbih wa l-israf ['Bog om notation og bekræftelse' 9./10.årh.]. Allerede i 1875 - ved 300 års jubilæet for Leidens universitet - var Muslim b. al-Walids digtsamling udkommet, i 1904 fulgte - fra hans seneste år - den mønstergyldige udgave af Ibn Qutaibas digterbog, - mønstergyldig i behandlingen af de forviklede forhold ved tekstoverleveringen. Men glansnummeret i hele denne udgivervirksomhed var udgaven af Tabaris annaler [Tarikh al-Tabari, 9./10.årh.] i 15 bind, som de Goeje, i samarbejde med en halv snes fagfæller fra Europas forskellige lande, bragte i stand i årene 1879 til 1901.

Dette monumentales værks historie har de Goeje selv fortalt i indledningen, side (romertal) 22 - 68. Kosegarten havde udgivet et brudstykke af værket fra et berlinerhåndskrift, omfattende årene 71 - 159h. Derefter blev andre håndskrifter kendt: de Goeje selv opdagede i 1862 dele af værket i to acephali ['uden hoved', - altså et manuskript uden titel eller overskrift] fra Bodleiana [Oxford]. A.D.Mordtmann den ældre (1811 - 1879) identificerede otte håndskrifter i Istanbul. Andre håndskrifter kom senere til. J.J.Stähelin (1797 - 1875), professor i det gamle testamente i Basel, tilbød de Goeje sin finansielle hjælp, hvis han havde i sinde at udgive annalerne, og denne samtykkede. Anden hjælp fra privat og offentlig side kom senere til, fra Holland, Tyskland og andre lande. Som medarbejder vandt han Jakob Barth for sig til den legendære før-islamiske historie (I, 1 - 812) og Nöldeke til Sasanidernes historie (I 813 - 1072), - begge fuldførte deres opgave så hurtigt, at de to første bind i den første serie, bearbejdet af dem, kunne udkomme i 1879 - 1882. For profet-biografien (og oprindeligt også for de fire [første] legitime kalifers historie) var Otto Loth udset, men han døde i 1881, da han endnu knap nok var nået til at affatte teksten, på grundlag af sine sammenligninger [af manuskripter]. I hans sted bearbejdede P. de Jong profetbiografien (side 1073 - 2015). Endeligt fulgte i 1890 - 1898 den af Eugen Prym færdiggjorte krønike for årene 12 - 40h (side 2016 - 3476). Samtidigt med den første serie var også de to andre, væsentligt kortere serier, blevet påbegyndt. De skulle omfatte umajjadernes og abbasidernes tidsalder. Opgaven med bearbejdelsen af de tre bind i den anden serie, 1881 - 1889, deltes mellem Hch. Thorbecke (II, 1 - 295, dvs. år 40 - 60 h), Siegmund Fraenkel (II 295 - 580, dvs. årene 61 - 65h), I. Guidi (II, 580 - 1340, dvs. årene 65 - 99h), D.H.Müller (II, 1340 - 1640, dvs. årene 99 - 120h) og udgiveren de Goeje [selv] (II 1641 - 2017, dvs. årene 120 - 130h) (i stedet for den oprindeligt udseete Max Grünert ). Omvendt bearbejdede de Goeje, af den tredje serie, som han oprindeligt havde forbeholdt sig selv, kun årene 218 - 231h (III 1164 - 1367) og 255 - 302h (III 1742 - 2294), medens årene 131 - 158h (III 1 - 459) blev færdiggjorte af M.Th.Houtsma, 159 - 218h (III 459 - 1163) af Stanislas Guyard og 232 - 255h (III 1368 - 1742) af Viktor Rosen. Til selve annalernes tekst slutter sig (III 2295 - 2561) et udtog af Tabaris tradentbiografiske værk Dail al-mudaiyal [omtr.:'Tillæg om tillæggene'], som Loth ville bearbejde på grundlag af v. Kremers eksemplar (det eneste eksisterende) . Efter dennes død blev P.de Jong - som fra sit arbejde med at udgive Dahabis Mustabih [12./13.årh.], 1881, var særlig fortrolig med 'viderebringernes' navne - udset til denne opgave. Da denne døde i 1890 overtog de Goeje bearbejdelsen af teksten. De Goeje tog sig også i det store og hele af de to sidste bind, som i 1901 fulgte på de 13 tekstbind. 'Indledningen' i bind 14 indeholder en afhandling om Tabari og hans værker (side (romertal) 1 - 22) og som tekstbilag Tabaris liv fra Ibn 'Asakirs Damaskus-krønike, med nogle beslægtede tekster (side 69 - 99), endvidere den allerede nævnte redegørelse for værkets tilblivelseshistorie sammen med de 'almindelige regler for Tabari-udgaven' (side 42 - 48) og angivelse af de håndskrifter, som hver enkelt medarbejder har benyttet (side 48 - 66). Efter denne indledning følger den omfangsrige ordfortegnelse (side 101 - 572) og den lange - af mange af værkets brugere oversete - liste over tilføjelser og forbedringer (side 573 - 803), hvortil også Barth, Fraenkel, Loth, Nöldeke og andre medarbejdere, samt W.Hein, v.Kremer, van Vloten, iranologen Josef Marquart o.a. bidrog. Også Wellhausens forbedringsforslag (Skizzen und Vorarbeiten 6, 146 - 160 ['Skitser og forarbejder']) har de Goeje taget hensyn til, men ganske vist for det meste afvist. Endelig bringer det 15.bind registre til annalerne og den fra 'Arib stammende tilføjelse, - så langt som udgivelsen var nået i de Goejes udgivelse fra 1897 .

Ved siden af dette store projekt fand de Goeje endvidere tid til at bistå sine elever med deres tekstudgivelser. Fx havde han en stor andel i P.A.van der Liths udgave (1883 - 1886) af Buzurg b. Sahriyars 'Aga'ib al-Hind ['Bogen om Indiens vidundere', 10.årh.], - en kulturhistorisk vigtig samling søfarerhistorier om det indiske ocean og dets lande. De Goeje leverede ordfortegnelsen, - vigtigt, pga. værkets vulgære sprog - medens Marcel Devic (kendt navnlig for sin Dictionnaire étymologique des mots français d'origine orientale ['Etymologisk ordbog over franske ord af orientalsk oprindelse' (1876)]) bidrog med en fransk oversættelse. Også Martin Theodor Houtsma havde glæde af de Goejes medarbejderskab, da han i 1881 udgav Ibn al-Anbaris Kitab al-addad og shiiten Ibn Wadih al-Ya'qubis meget dårligt overleverede historieværk ['Tarikh', 9.årh.] (2 bind. 1883). Hans yndlingselev Gerolf van Vloten (død 1903) overlod han sine notater fra håndskriftsammenligninger til dennes udgave af Huwarizmis Mafatih al-'ulum ['Nøgle til videnskaberne', 10.årh.] (1895). Han læste en korrektur på Jahiz's Kitab al-buhala ['Bogen om gerrighed'] (1900) og af van Vlotens efterladte skrifter udgav han tre små skrifter af [samme] Jahiz (1903). Han overvågede desuden trykningen af D.H.Müllers udgave af Hamdani [10.årh.] (1884 - 1891) og gav meget værdifulde bidrag til etableringen af teksten. Af William Wrights Ibn Jubair besørgede han et 2.forbedret oplag i Gibb Memorial Series V. Endog for P. de Konings arbejder, - han udgav tekster fra den medicinske litteratur: i 1896 om nyre- og blæresten og i 1902 tre anatomiske traktater med fransk oversættelse - viste han interesse.

De Goeje viste altid en særlig omsorg for en teksts recension og emendation [forbedring]. Han gav altid læseren [klar] besked om de læsemåder han fandt i manuskripterne, og skrifttegnene lod han i alle tvivlstilfælde gengive uden diakritiske tegn (rasm ['tegn']). Det kritiske apparat [med sådanne læsemåder] placerede han altid nederst på den relevante tekstside [hvad der er almindeligt nu om dage], da der erfaringsmæssigt næppe nogensinde bliver taget hensyn til varianter, som står i et tillæg. Han tilføjede rutinemæssigt registre til sine udgaver, og her besluttede han sig - efter nogen tøven - for en to-deling, så han holdt person- og stammenavne for sig, og folke- og landenavne for sig, i hvert sit apparat. De ordfortegnelser som han for det meste tilføjede sine tekstudgaver, hører også i dag til de vigtigste leksikografiske hjælpemidler. Hvor han [endnu] i sin udgave af Baladuri ikke altid havde givet den formale grammatik den fornødne opmærksomhed, så at listen over rettelser (side 111 - 128) svulmede op i betænkelig grad, så satte hans fremragende kendskab til sproget ham senere i stand til at besørge et nyt oplag af Wrights Arabic Grammar, som siden har hævdet sig som den bedste fremstilling af det klassiske sprog.

Mere direkte, end gennem sine forbilledlige metode, virkede de Goeje ind på forskningens gang, ved indholdet i det tekstudgaver, som han bragte i stand, - først og fremmest Tabari-udgaven fra Leiden. Den gav ikke blot et væsentligt righoldigere stof end Ibn al-Atirs Kamil, den gav også, ved sin [Tabaris] måde at benytte kilderne på, et indblik i den gamle islamiske historiografi og dens tendenser, og gav dermed anledning til litterær- og historiekritiske undersøgelser, som, til at begynde med, de Goeje og hans elever G.van Vloten og H.D.van Gelder , og senere Nöldeke og hans elever Rudolf Brünnow og Carl Brockelmann , tog del i. Men vigtigst er, at Wellhausens banebrydende undersøgelser havde Tabari som udgangspunkt. Allerede før teksten udkom, oversatte Th.Nöldeke i sin Geschichte der Perser und Araber zur Zeit der Sasaniden ['Persernes og arabernes historie i Sasanidetiden'] (1879) den del af annalerne (ca. 1/30 af det hele), som han havde fået til bearbejdelse. Desværre fandt hans eksempel ingen efterfølgere, så at Tabaris annaler den dag i dag er næsten utilgængelige for ikke-arabiskkyndige historikere . Heller ikke den tyske oversættelse af de arabiske geografer, som de Goeje stillede i udsigt i BGA I, side (romertal) 8, blev virkeliggjort. I mellemtiden er der blevet fundet så vigtige håndskrifter til geograferne i østens biblioteker, at en tidssvarende nyudgave af Bibliotheka geographorum arabicorum, således som Johannes Hendrik Kramers (1891 - 1951) har foretaget det for teksten til Ibn Hauqals vedkommende, hører til arabistikkens mest påtrængende opgaver. En sådan nyudgave ville samtidigt være den værdigste måde at holde mindet om den store arabist de Goejes i live på.